As portarias também concedem reparação econômica de caráter indenizatório aos anistiados. O valor total das indenizações (aproximadamente R$ 8,4 milhões, fora as pensões mensais de alguns casos), busca reparar os danos sofridos pelas pessoas contempladas pela anistia. A responsável pelo pagamento destes valores é a União.
O ex-secretário nacional de Direitos Humanos Nilmário Miranda (PT) é um dos beneficiados e receberá indenização de R$ 99,6 mil. A Comissão de Anistia do Ministério da Justiça julgou o caso de Nilmário em setembro de 2008.
A Comissão ainda determinou seis anistias post mortem, concedidas a pessoas já falecidas. Nestes casos a indenização deve ser paga aos familiares dos beneficiários. Um exemplo é o de Cassimiro Luis de Freitas. Ele foi preso por criar uma União Camponesa, braço rural de uma organização guerrilheira de Goiás. Morto em 1970, a indenização de R$ 100 mil foi paga a sua viúva, Maria Eleotélia Rodrigues.
Fonte: SEEB – SP, com Última Instância